Sveitarfélög reka undir stjórn heilbrigðisnefnda, heilbrigðiseftirlit samkvæmt lögum um hollustuhætti og mengunarvarnir.
Yfirstjórn mála samkvæmt lögunum um hollustuhætti og mengunarvarnir er í höndum umhverfisráðuneytisins. Umhverfisstofnun gegnir samræmingarhlutverki varðandi starfsemi heilbrigðiseftirlits sveitarfélaga hvað varðar hollustuhætti og mengunarvarnir. Yfirstjórn matvælamála er hjá Sjávarútvegs- og landbúnaðarráðuneytinu. Matvælastofnun hefur yfirumsjón með starfsemi heilbrigðiseftirlitsins hvað varðar matvælaeftirlit. Boðvald gagnvart starfsleyfisskyldum rekstri er í höndum heilbrigðisnefnda.
Heilbrigðiseftirlit sveitarfélaga eru 9 talsins og er skipan þeirra ákveðin í áðurnefndum lögum. Starfsemi heilbrigðiseftirlitssvæða er fjármögnuð að hluta með starfsleyfis- og eftirlitsgjöldum skv. gjaldskrá. Þessi gjöld eru oftast u.þ.b. helmingur af rekstrarútgjöldum heilbrigðiseftirlitsins. Afganginn greiða sveitarfélögin hlutfallslega miðað við íbúafjölda.
Heilbrigðiseftirlitssvæðum var fækkað í 9 með reglugerð frá 20. september 2021 þegar heilbrigðiseftirlit Kjósarsvæðis var skipt upp þannig að heilbrigðiseftirlits Mosfellsbæjar og Seltjarnarnesbæjar sameinaðist Hafnarfjarðar- og Kópavogssvæði og heilbrigðiseftirlit Kjósarhrepps sameinaðist við heilbrigðiseftirliti Vesturlandssvæði.
