Arnar hefur starfað sem aðstoðarmaður mennta- og barnamálaráðherra frá árinu 2021 og aðstoðarmaður félags- og barnamálaráðherra á árunum 2018-2021.
Sem aðstoðarmaður hefur hann komið að margvíslegri stefnumótun, t.d. á ráðuneytunum, framhaldsskólum og verknámi á Íslandi, stefnumótun á sviði húsnæðismarkaðar, almannatrygginga, vinnumarkaða, málefnum barna og að gerð Lífskjarasamnings á vinnumarkaði 2019-2022. Arnar Þór er formaður stýrihóps stjórnvalda um byggingu þjóðarleikvanga.
Þar áður starfaði Arnar Þór sem bæjarstjóri Blönduósbæjar frá árunum 2007-2018, þar kom hann m.a. að byggingu sundlaugar, stofnun Textílseturs Íslands, stofnun Þekkingarsetursins á Blönduósi og undirbúningi og uppbyggingu gagnavers á Blönduósi. Hann starfaði sem lögfræðingur hjá Símanum á árunum 2002-2006 og sem lögfræðingur hjá Fjármálaeftirlitinu á árunum 1999-2001. Arnar Þór er með Cand.Jur frá Háskóla Íslands og réttindi til starfa sem héraðsdómslögmaður og með próf í verðbréfaviðskiptum. Arnar Þór er giftur Gerðu Betu Jóhannsdóttur hjúkrunarfræðingi og eiga þau þrjú börn. Hann mun hefja störf hjá Sambandi íslenskra sveitarfélaga í maí.
„Við bjóðum Arnar Þór hjartanlega velkomin til starfa. Arnar Þór hefur starfað í stjórnsýslunni bæði sem bæjarstjóri og aðstoðarmaður ráðherra og hefur mikla reynslu og þekkingu sem mun nýtast vel í þeim verkefnum sem eru framundan hjá Sambandinu.“ segir Heiða Björg Hilmisdóttir formaður Sambands íslenskra sveitarfélaga.